Según José Mª. Mateos existía masonería en México antes de 1806 ya que en ese año fue iniciado Don Miguel Hidalgo y Costilla en una Log.·. ubicada en la calle de Ratas No. 4, a la que asistían prominentes integrantes del cabildo de la Ciudad de México.

Según Castillo desde finales del S. XVIII, existían en México (Nueva España) Llog.·. militares de españoles.

Según el catecismo del Ap.·. del R.·. N.·. M.·. "El Rito Escocés Antiguo y Aceptado fue el primero que se conoció en México..." .

Según Chism Las primeras Llog.·. aparentemente trabajaban bajo las formas del Rito de York.

Durante la guerra de Independencia (1810-1821), las Llog.·. abatieron Ccol.·. formalmente, pero deben haber seguido trabajando bajo el formato de Llog.·. militares, ya que solo así se explica que al final de la guerra resurgieran las Llog.·. como hongos después de la lluvia y que personas como Vicente Guerrero, que no tenían edad para ser iniciados antes de la guerra, tenían altos grados al finalizar esta.

De 1821 a 1825 existieron en México dos tipos de Llog.·. según su tendencia política, unas conservadoras, pro monárquicas y centralistas formadas por personas adictas al antiguo régimen virreinal y otras liberales, republicanas y federalistas, conformadas por los independentistas y sus simpatizantes; pero todas trabajaban bajo las formas del R.·. E.·. A.·. y A.·.

Según Jesús Reyes Heroles . durante toda la primera parte del S XIX, a falta de partidos políticos, las Llog.·. Mas.·. hicieron las veces de "partidos políticos embrionarios"

En el año de 1825, las Llog.·. liberales obtuvieron, por conducto de Joel R. Poinset , (ministro plenipotenciario de los EE. UU. En México ) carta patente del Rito de York, por lo cual empezaron a ser llamados "yorkinos" y los conservadores "escoceses", términos que hasta hoy siguen usando los historiadores.

Como los escoceses simpatizaban con el modelo político europeo y los yorkinos con el estadounidense, nueve HH.·.: Guillermo Gardette, José María Mateos, Guillermo Lamont, Luis Luelmo y Goyanez, Cayetano Rinaldi, Carlos Rinaldi, Juan María Mateos, Francisco Ocampo y Mariano Rodríguez, cinco escoceses y cuatro yorkinos, buscaron una opción diferente y en tenida solemne efectuada el 22 de agosto de 1825 se declara legalmente constituido el R.·. N.·. M.·. y se establecen los cinco principios que son sus antiguos límites:

1. Que el Rito Nacional Mexicano quedaba establecido regularmente en derecho, por el que tenían los miembros que lo formaban, masones regulares de ritos aceptados, que dicho Rito era por lo mismo, en su régimen interior, libre e independiente de cualquier otro del globo, como lo es la nación mexicana de las demás potencias.

2. Que el gobierno de este Rito residiría en un SUPREMO GRAN ORIENTE Y UNA GRAN LOGIA NACIONAL MEXICANA, y que se consideraría como ilegal a cualquiera reunión que trabajara bajo las formas del Rito sin haber tenido cédula legalizada para ello.

3. Que los grados simbólicos serían los mismos en número, que en todos los ritos establecidos y que forman la masonería universal, es decir, APRENDIZ, COMPAÑERO Y MAESTRO, y los grados altos seis, formando el todo nueve, cuyos títulos designaría el Reglamento General, así como sus atribuciones y deberes.

4. Que en cualquiera ciudad, aunque no fuere capital de estado, si llegaban a reunirse cinco logias particulares, regularmente constituidas con credenciales de Grandes Logias, se podría instalar una Gran Logia, sin que por eso pudiera haber más que una Gran Logia en cada estado.

5. Que la masonería mexicana no tendría otro objeto, que trabajar por despertar en nosotros los sentimientos de la más pura humanidad, y la práctica de todas las virtudes, elevando al hombre al nivel del hombre mismo, y enseñando a respetar y amar lo que la virtud y la sabiduría consagran a la humanidad como verdades eternas; estableciendo también en los misterios simbólicos, los lazos que unen a los miembros de la Gran Familia para tenerlos siempre reunidos bajo los auspicios de la concordia y la verdadera fraternidad.

Fundado ya, el Rito Nacional Mexicano, se procedió a formar el Reglamento General en el que se declaró la independencia y autonomía del rito, que los masones en él recibidos, se denominarían Mexicanos y no de otro modo; que los grados de que se forma son nueve: APRENDIZ RECIBIDO, COMPAÑERO, MAESTRO, MAESTRO APROBADO, CABALLERO DE SECRETO, CABALLERO DEL AGUILA MEXICANA, PERFECTO ARTIFICE, GRAN JUEZ Y GRAN INSPECTOR GENERAL DE LA ORDEN.

Aprobadas las bases de la Constitución Orgánica y del Reglamento General, quedó instalada la Masonería Mexicana en el mismo día 22 de agosto de 1825 y el 26 de marzo de 1826 lo fue la primera Gran Logia Nacional Mexicana con el distintivo de: "LA LUZ ".

Durante este período los escoceses y los yorkinos se enfrascaron en una lucha política que además de causar la muerte de muchos HH.·. ocasionó la desaparición de ambos ritos en México, dejando solo al R.·. N.·. M.·. hasta 1860 en que se volvió a constituir una Log.·. del Rito Escocés en el puerto de Veracruz.

En el Congreso General del año de 1833, el R.·. N.·. M.·. decidió iniciar una serie de reformas, la más importante hacia adentro, incluir a la mujer en la masonería, ya que en sus manos está la formación de los futuros ciudadanos; hacia fuera, luchar por la abolición de los fueros militares y eclesiásticos, la separación de la iglesia y el estado, la educación laica, la secularización de los bienes eclesiásticos, la libertad de cultos, etc. Y le ordenó al G.·. I.·. G.·. Valentín Gómez Farías, en ese momento Presidente de la República (Su primer periodo comprendió del 1 de abril de 1833 al 18 de junio del mismo año, quedando a cargo del gobierno en ausencia de Antonio López de Santa Anna) que las llevara a la práctica, el cumplió pero ocasionó una revuelta de graves consecuencias para el Rito, y perdieron la presidencia de la República.

A pesar del descalabro sufrido, el R.·. N.·. M.·. no cejó en sus esfuerzos por llevar a cabo estas reformas, lo cual logró con la Constitución de 1857 y posteriormente con las Leyes de Reforma, ambas generadas en los talleres del Rito.

En tanto el gobierno liberal emanado del R.·. N.·. M.·. encabezado por Benito Juárez aplicaba sus reformas, los conservadores continuaban con sus intentos de traer un monarca europeo para consolidar su modelo político, en esta ocasión, gracias a las ansias expansionistas de Napoleón III, sus esfuerzos se vieron coronados con el éxito, logrando imponer, con ayuda del ejercito francés, un imperio con Maximiliano de Habsburgo a la cabeza; aunque nunca lograron controlar todo el territorio nacional.

Durante este período de la intervención francesa, el R.·. N.·. M.·. abate columnas formalmente y solo trabaja bajo la forma de Llog.·. errantes o militares, sin embargo no claudica y continúa con su lucha hasta recuperar totalmente al país y retomar la Constitución y las Leyes de Reforma.

En lo masónico, el R.·. N.·. M.·. expide la Carta Patente de la Gr.·. "Log.·. Valle de México" del R.·. E.·. A.·. y A.·. , conforma el Supremo Consejo del 33º y Último Grado del R.·. E.·. A.·. y A.·. y se firma un tratado de libre tránsito entre los talleres de los tres primeros grados y del último grado de ambos ritos.

Durante el gobierno del Gral. Porfirio Díaz Mori, aprovechando que era integrante de los Supremos Consejos de los Ritos Escocés y Nacional, crea la Gran Dieta Masónica y con ella utiliza a la masonería como estructura de control político del país y con ello hace caer a toda la masonería en un sopor político del que solo fue despertando al final del porfiriato (el cual duró 32 años, hasta 1910 que se inició la Revolución Social Mexicana).

En 1916 el R.·. N.·. M.·. se enfrasca en una lucha ideológica con Carranza (Presidente de los Estados Unidos Mexicanos) y el campo de batalla fue el Congreso Constituyente. Los Masones Mexicanos que eran diputados, capitaneados por el I.·. y P.·. H.·. Francisco J. Mújica le ganan a los carrancistas los artículos vertebrales (3º, 27, 123, 130, etc.) de la constitución de 1917; el proyecto de Constitución de Carranza es rehecho en los talleres del R.·: N.·. M.·. y se logra que la Constitución de 1917 sea una expresión de los ideales masónicos mexicanos.